برنامه ریزی ( Programming)
برد آؤداینو می تواند توسط نرم افزار آرداینو پراگرام شود . آپلود کردن طرح برروی SAM3X با AVR که روی دیگر برد های آرداینو است متفاوت است به این دلیل که حافظه فلش در SAM3X قبل از برنامه ریزی جدید نیاز دارد که پاک شود.