با یه پروگرامر اول فیوز بیت هاشو طبق فایل boards.txt تنظیم کن بعد با همون پروگرامر بوت لودر رو آپلود کن نیاز نیس کاری کنی بوت لودر سر جای خودش نوشته میشه.
/arduino-1.5/hardware/arduino/avr/bootloaders/stk500v2/stk500boot_v2_mega2560.hex
به این مسیر برو فایل هگز بوت لودر ور بردار.
بعد با همین پروگرامر هم می تونی فایل برنامه تو مثل چراغ چشمک زن رو توش آپلود کنی