شما باید اول طبق همون فایل boards.txt فیوز بیت های میکرو رو با یه نرم افزار مثل avr studio یا eXtreme Burner - AVR نظیم کنی بعد بوت لودر روی میکرو بریزی.
درضمن توی همین نرم افرار ها هم می تونی بوت لودر رو روی میکرو بنویسی.

روش پروگرام کردن بوت لودر arduino | پورتال دیجیتال