سلام
میتونید از طریق commandline این کار رو انجام بدید

رفرنس : How do I upload a hex file firmware to a target board without using the arduino IDE? - Electrical Engineering Stack Exchange

البته طبق چیزی که تو این تاپیک بحث شده نتیجه قطعی نیست اما خب سرنخ خوبیه