با اون سخت افزار نمی تونید مستقیما کد آردوپایلوت رو روش اجرا کنید. باید کد رو تغییر بدید. مثلا سخت افزار شما حافظه فلش خارجی ای که پارامترها روش ذخیره میشن رو نداره، برای همین موقع اتصال به نرم افزار mission planner اختلال ایجاد میشه.
کلا باید ببینید سخت افزار شما چه تفاوتهایی با apm2.6 داره و طبق همون یه بخشهایی از کد رو حذف کنید یا تغییر بدید.

اگه صرفا دنبال یه فلایت کنترل برای مولتی روتورها با این سخت افزارید، می تونید به جای آردوپایلوت از کد multiwii استفاده کنید.