همونطوری که romeo82ir گفتند، اگه تسلظ بالایی به برنامه نویسی آردوینو ندارید، کار سخت و زمان بری هست. بهتره از کدهای MegaPirateNG استفاده کنید.

اون حافظه فلش با پورت SPI وصل شده به میکرو ولی مسلما نمی تونید SD CARD جاش استفاده کنید. باید ببینید دقیقا مدل حافظه فلش چی هست، یه بورد براش بزنید و بعد وصل کنید به SPI میکرو!
میکروی دومی علاوه بر ارتیاط USB سیگنهای های ورودی رادیو کنترل رو می خونه و به میکروی اصلی میده.
ماژول سنسوری که دقیقا مشابه سنسورهای بورد باشه GY86 هست نه 87 . که بازم یکم متفاوت میشه چون اگه درست یادم باشه mpu6000 روی بورد با SPI به میکرو وصل میشد نه I2C.

خلاصه اینکه یا باید برید شماتیک APM رو ببینید و دقیقا عین همون مدار رو ببندید یا اینکه کد رو تغییر بدید و یه بخشهایی رو اصلا حذف کنید (مثل همون مگا پایرت ان جی).